Prvních 500 pracovníků přímé výroby se také zúčastnilo fyzioterapeutických programů, které zahrnují individuální poradenství pro předcházení bolesti rukou či zad a uvolnění namáhaných částí těla. Automobilka rovněž dbá na zlepšování ergonomie u zaměstnanců v nepřímé oblasti. Projekt Řízených rotací navazuje na předcházející týmové rotace a pomocí digitalizace a přesně propočtené doby expozice, tedy pobytu na jednotlivých stanovištích, je využíván v provozech, kde nelze zabránit jednostrannému či nadměrnému zatěžování jinými způsoby: např. při montáži náprav, výrobě motorů a v logistice při manipulaci s trakčními akumulátory pro elektricky poháněné automobily. Střídání pracovních činností lze ovšem uplatnit i v dalších oblastech. Automobilka za tento projekt, jehož návrh, realizaci a vyhodnocení provádí specializovaný útvar Zdravotní služby a ergonomie, získala první místo v ceně Správná praxe udělované v rámci kampaně Zdravé pracoviště.

Moderní postupy na ochranu zdraví se dotýkají řady oddělení a začínají už během vývojových prací, kdy se navrhuje optimální design budoucího pracoviště. Cílem je zajistit co možná nejsnazší přístup personálu ke všem klíčovým komponentům. Během této fáze se uplatňují pokročilé technologie včetně 3D modelů nebo virtuální reality. Zaměstnanci automobilky mohou využívat zázemí vlastní lékařské péče, Zaměstnanecká pojišťovna Škoda dále poskytuje podpůrné programy či příspěvky na prevenci a poradenství v oblasti vyvážené stravy, pohybových aktivit nebo zdravého životního stylu. Automobilka také nabízí možnost bezplatného očkování proti sezónní chřipce či klíšťové encefalitidě. Mezi nejnovější příspěvky z oblasti ochrany zdraví zaměstnanců patří zavedení zcela nekuřáckého prostředí, které od 1. září 2021 platí ve všech provozech a areálech společnosti. Škoda Auto podporuje zaměstnance při odvykání od kouření v rámci interního programu nazvaného Na plicích záleží. Jde například o náhradní nikotinovou terapii a odborné poradenství. Škoda Auto hradí náklady na tyto iniciativy společně se zdravotními pojišťovnami.