V roce 2011 mluvčí Ministerstva obrany Jan Pejšek uvedl, že pokud se to armádě nepodaří, bude nutné činnost zařízení zastavit. Jedním z důvodů je totiž fakt, že roční provozní náklady jsou 70 milionů korun a kompletní dokončení by stálo další stovky milionů. Na webu ministerstva se také uvádí, že Centrum biologické ochrany Těchonín je unikátní pracoviště, které ale mimo armádu nemá adekvátní využití. Týden.cz uvedl, že vláda o osudu pracoviště rozhodla na svém lednovém zasedání a to kvůli úsporám. Ministerstvo obrany, které doufá v další využití centra, již jednalo s ministerstvy zdravotnictví a vnitra, v obou případech zatím bez úspěchu.

Centrum biologické ochrany je specializované zdravotnické zařízení Armády České republiky, které slouží ke komplexnímu zabezpečení biologické ochrany AČR. Je jedním ze středisek Ústředního vojenského zdravotního ústavu se sídlem v Praze. Hlavní úkoly: • Izolace nositelů nebezpečných nákaz a zabránění riziku šíření nákazy v ostatní populaci; • Identifikace druhu nákazy, stanovení přesné diagnózy, navrhování a přijímání dalších následných opatření, zejména v oblasti prevence; • Léčba zasažených osob; • Biologický obranný výzkum Součástí Centra biologické ochrany (CBO) Těchonín je specializovaná infekční nemocnice pro izolaci a léčení osob se zvláště nebezpečnými a exotickými infekcemi na úrovni stupně biologického zabezpečení BSL 3 a BSL 4 (Biosafety Level 3, 4) s laboratořemi pro diagnostiku vybraných biologických agens. Poskytuje izolačně-karanténní kapacity pro vyšetření vojáků po jejich návratu z misí.