Regionální rada přitom v kontrolovaném období prověřovala každou žádost o proplacení dotace. Pochybení odhalená NKÚ ale přesto jako nedostatky neuvedla. Podmínky dotačních smluv jsou velmi tvrdé a už i drobné porušení povinností uvedených ve smlouvách by mělo vést k vrácení neoprávněně čerpané části dotace. Teoreticky by tak příjemci podpory měli všechny neoprávněně čerpané dotace vrátit. Regionální rada jim ale vratku může snížit nebo úplně odpustit. NKÚ kontroloval jak příjemce dotací, tak regionální radu, která projekty vybírá a dohlíží na jejich průběh i vyúčtování. A právě v kontrole měla rada velké mezery. Například technickou kvalitu projektů, která má 40% podíl na výsledném hodnocení, posuzoval v letech 2007–2009 jen jeden externí odborník. Na základě jeho názoru rada schválila 100 projektů s dotacemi za 3 miliardy korun. Regionální rada porušila „pravidlo čtyř očí“, tedy že projekty mají hodnotit dva nezávislí znalci. Hodnocení potřebnosti a relevance projektů, které mělo také 40% podíl na výsledné známce, pak měla na starosti šestičlenná komise expertů. Její členové ale přidělovali body jednotlivým projektům bez jediného slova odůvodnění. Hodnocení tak bylo subjektivní a fakticky nepřezkoumatelné. Dokazuje to například projekt rekonstrukce Františkánského kláštera v Hostinném. Zatímco v jednom kole výzvy neuspěl, v následujícím už vybrán k realizaci byl. A to přesto, že obsah projektu se nezměnil. NKÚ našel nedostatky i u příjemců dotací. Týkaly se především porušování rozpočtové kázně. Například město Lázně Bohdaneč neoprávněně čerpalo 4,4 milionu korun. Porušilo totiž podmínky pro zadávání veřejné zakázky, které byly součástí smlouvy o poskytnutí dotace. Obdobný problém odhalili kontroloři i u stavby sportovního hřiště v obci Křižany, která zadala část veřejné zakázky přímo jednomu dodavateli. A to přesto, že podle smlouvy o poskytnutí dotace měla nejdříve písemně oslovit alespoň tři dodavatele a požádat je o předložení nabídky.